新冠病毒基因组演化阐明和谱系划分有重要进展

科技日报记者 赵汉斌

记者5日从中国科学院昆明动物研究所获悉，该所与国内多家研究机构合作，解析了新型冠状病毒基因组的演化规律，提出了具有条理布局的谱系、亚谱系划分系统。《科学通报》期刊颁发了这一重要成就。

随着传染人数增加，新冠病毒会快速成长出许多差异的株系。大量相似的病毒序列，对新冠病毒基因组系统发育的可靠揣度提出了重大挑战，人类急需对这些新呈现的变异进行梳理与描述，并更加精细化地展示新冠病毒在人群中的演变轨迹。

输入型病例亚谱系的单倍型网络图（图源：中科院昆明动物研究所）

为解决这一问题，中科院昆明动物研究所吕雪梅、张亚平课题组与北京大学生命科学学院陆剑课题组、中国疾病防范控制中心谭文杰课题组等研究团合作，阐明了121618个高质量的病毒基因组中的单核苷酸变异，再按照位点的突变频率和连锁性筛选出201个代表性单核苷酸变异，进而逐级划分出130个亚谱系，绘制成完整的反应各个谱系之间亲缘关系的单倍型网络图，同时成立了实时更新的配套网站方便检察。

为阐发差异亚谱系的病毒的风行水平是否有所差异，研究团队依据谱系划分系统对有具体采样时间信息的119168个高质量病毒基因组进行划分，并挖掘了这些谱系的时空漫衍演变规律。研究成果显示在地理条件、交通运输、文化风尚、防疫政策、超等流传者等各类因素共同感化下，病毒谱系在差异地区之间有各自奇特的漫衍模式，为病例的分子溯源提供了理论依据。

研究团队还收集了国内从2020年4月到2021年1月的输入病例数据，将它们在谱系划分系统单倍型网络长进行展示，可以为输入型病例的来源提供揣度信息。各个谱系频率的时空变革轨迹还能为理解新冠病毒的演化规律提供线索。

此项研究囊括了目前呈现的绝大大都新冠基因组变异，并整理了其谱系关系，阐发各个谱系时空漫衍的规律，搭建出新冠病毒演化的概略框架，对理解病原体变异规律、新冠风行病学追踪、预测病毒的演化偏向有重要意义。